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计算生物学课题组

  • 日期:2016-10-01
  • 10804

课题组简介:

计算生物学课题组主要通过分子动力学模拟、机器学习等理论与计算手段研究生物大分子结构和功能的关系。课题涉及生物、物理、化学及计算机等多个学科,属于典型的交叉研究领域。项目主要来源于国家自然科学基金、中科院科教融合项目、北京分子科学国家实验室开放基金及中国科学院大学自主部署项目。

课题负责人介绍:

张竹青,教授(博导)

2000-2005              中国科学院化学研究所高分子物理与化学国家重点实验室,博士

2005-2007             北京大学化学学院及定量生物学中心,博士后

2008-2011             加拿大多伦多大学医学院生物化学系,博士后

2011年6月至今   中国科学院大学生命科学学院,副教授、教授

课题组成员:

博士生: 闫庆琳  

硕士生: 廖绍峰   张钰君   李旺书   王霆澜   文楚扬

研究方向:

(1) 蛋白质折叠及别构机制

(2) 翻译后修饰对天然无序蛋白质结构和功能的影响

(3) 生物大分子体系相分离的机制

近五年代表性论文:

  1. Xi Wang, Xiang Zhou, Qinglin Yan, Shaofeng Liao, Wenqin Tang, Peiyu Xu, Yangzhenyu Gao, Qian Li, Zhihui Dou, Weishan Yang, Beifang Huang, Jinhong Li, Zhuqing Zhang*. LLPSDB v2.0: an updated database of proteins undergoing liquid-liquid phase separation in vitroBioinformatics. 2022:38(7):2010-2014 (equal contribution)
  2. Qian Li, Xiaojun Peng, Yuanqing Li, Wenqin Tang, Jia'an Zhu, Jing Huang, Yifei Qi and Zhuqing Zhang*. LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro. Nucleic Acids Res.2020:48:D320-327 (equal contribution)
  3. Likun Zhao, Luhua Lai*, Zhuqing Zhang*. How calcium ion binding induces the conformational transition of the calmodu lin N-terminal domain-an atomic level characterization. Phys Chem Chem Phys. 2019,21;19795-19804.
  4. Yanhua Ouyang, Likun Zhao, Zhuqing Zhang*. Characterization of the structural ensembles of p53 TAD2 by molecular dynamics simulations with different force fields. Phys Chem Chem Phys. 2018,20:8676-8684.
  5. Jie Hu, Tao Chen, Moye Wang, Hue Sun Chan*, Zhuqing Zhang*. A critical comparison of coarse-grained structure-based approaches and atomic models of protein folding. Phys Chem Chem Phys. 2017,19:13629-13639.

研究成果图片:

研究成果

蛋白质液-液相分离数据库LLPSDBhttp://bio-comp.org.cn/llpsdb

课题组成员合影:计算生物学实验室