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生命学院张竹青课题组在蛋白质体外液-液相分离(LLPS)数据库方面取得新进展

  • 图文:张竹青
  • 发布于 2022-01-26
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        越来越多的研究表明生物分子的液-液相分离(Liquid-liquid Phase Separation, LLPS)在生命活动中起着重要作用。蛋白质LLPS的发生不仅由其序列本身性质决定,也受体系微环境够影响。生命学院张竹青课题组于20199月发布了蛋白质体外LLPS数据库(Liquid-liquid phase separation database, LLPSDB),收录、分类并注释了报道的体外实验发生LLPS的蛋白质及其相分离发生的详细实验条件。该数据库一经发布就受到了广泛的关注。

       随着越来越多 LLPS 相关实验数据的报道,LLPSDB数据库的更新十分必要。近日该课题组发布了新版本LLPSDB v2.0http://bio-comp.org.cn/llpsdbv2)。相较于LLPSDBLLPSDB v2.0不仅在数据量上有近两倍的增加,网站的界面也进行了优化,同时新增了含有模糊成分信息的 “Unambiguous system”类别。该更新版数据库为用户了解蛋白质 LLPS 的机制及发展相关预测算法提供了更全面的资源。相关论文“LLPSDB v2.0: an updated database of proteins undergoing liquid-liquid phase separation in vitro”2022113日在国际著名期刊Bioinformatics上在线发表(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac026)。生命学院研究生王茜、周详(中科院生物物理研究所2020级研究生)和闫庆琳为论文共同第一作者,国科大2018级本科生徐培瑜、高阳震宇、李锦鸿参与了部分工作,张竹青教授为论文通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金和中国科学院大学优秀教师科研能力提升项目的支持。

LLPSDB V2.0的数据统计